最も懸念される急性副作用はミオパチーで、多くの症例で筋弛緩薬との併用でミオパチーを生じたと報告されているが（Ann Pharmacother 1996;30:1437）、ステロイド単独でもミオパチーは報告されている（ARRD 1988;137:460）。ほとんどすべてのステロイドでアナフィラキシー様の症状が報告されている。躁病や神経症、自殺企図を伴う鬱病、譫妄などの精神症状が報告されており、典型的にはプレドニゾン換算60〜80mg/day以上の投与量で精神症状が現れる。また、ステロイド開始1〜2週間で症状が出現することが多い（Compr Therapy 1995;21:524）

経口経鼻挿管から気管切開に移行するタイミングに関しては、1989年の Consensus Conference on Artificial Airways in Patients Receiving Mechanical Ventilation に於いて、「人工的気道確保が21日以上必要と予想される場合、気管切開が推奨される」とされている。

Donna らは1966年から1996年までの気管切開の時期に関する論文のmeta analysisを行い、気管切開を早期に行うべきか否かについては明確な回答はないとしている。

Marinらは521人の人工呼吸管理患者を対象としたprospective studyを行い、気管切開施行の予測因子と施行された患者の予後に関して検討を行っている。彼らは気管切開となる因子として、
1）以前に気管内挿管を受けたことがある、
2）誤燕のエピソードがある、
3）吸入療法を受けている、
4）ventilator-associated pneumoniaを起こした、
5）気管支鏡検査を必要とする
などの因子をあげている。ICU入室となった原疾患を内科的、外科的疾患に分けて検討したところ、内科的疾患において非気管切開群の方が有意に院内死亡率が高かった（外科的疾患では有意差なし）と報告している。

消化管は重症患者の第２の標的臓器とされ、侵襲が生体に加わると腸管血流傷害から粘膜、特に絨毛部先端は虚血に陥り、その腸管壁防御機構に破綻を来す。これにより腸管内常在菌叢の菌あるいはそれより放出される内毒素が血流内に流入するbacterial translocationという現象が起きると考えられている。

SDD（Selective Discontamination of Digestive tract, 選択的消化管殺菌）
院内肺炎、特にventilator-associated pneumoniaの予防のため、口腔、咽頭、胃、小腸の好気性の病原菌を選択的に殺菌する方法。抗生剤の選択や投与経路にはさまざまな処方が提唱されている。一般的には非吸収性抗生剤の口腔内および経管投与と抗生剤の経静脈的投与の組み合わせで行われる。1998年の D'Amicoらによる5,727人を対象にしたメタ解析により、
1） 人工呼吸中の患者の40% が気道感染し、内30%が死亡する
2） 非吸収性抗生剤と抗生剤静注の組み合わせが最も有効で、抗生剤非投与に比べ気道感染を65%、死亡率を20%減少させる
3） 非吸収性抗生剤のみを投与し、静注を行なわなかった場合、気道感染を44%減少させたが、死亡率は減少させなかった （BMJ 316:1275-1285）。
処方の一例として、口腔、咽頭を消毒薬で含嗽後、2%gentamicin, polymixinB, amphotericinB入りの粘着性methylcelluloseペースト0.25gを塗布。経鼻胃管より gentamicin 80mg, polymixin B 100mg, amphotericin B 500mg を10mLに溶いた液を注入し、1時間クランプ。抗生剤静注がすでに行われていればそれを続行、投与されていなければceftriaxon 2g を1日1回静注。